اسناد دوره قاجاریه نشان می‌دهد که در آن دوران تشكیلاتی با عنوان‌های اداره خالصجات و دیوان خالصجات وجود داشته است. در دوران سلطنت مظفرالدین شاه وزارت خالصجات و رقبات دارالخلافه به‌وجود آمد و محمدخان اقبال الدوله عهده‌دار امور آن شد. در كابینه‌های اول و دوم پس از استقرار مشروطیت، وزارت خالصجات و زراعت و فلاحت ایجاد شد و مظفرالدین شاه به موجب دستخطی، میرزا نصرالله خان ناصرالسلطنه را به‌عنوان وزیر این وزارتخانه منصوب كرد. در سال 1289، براساس گزارش میرزاحسین خان مشیرالدوله صدراعظم و تصویب ناصرالدین شاه، 9 وزارتخانه از جمله تجارت و زراعت عهده‌دار انجام امور دولتی كشور تحت‌نظر صدراعظم شدند. در سال 1296 وزارت فلاحت و تجارت و فوائد عامه ایجاد شد كه در تشكیلات آن، اداره فلاحت و تجارت وجود داشت. در این دوران به تدریج به كسب درآمد بیشتر از بخش كشاورزی، افزایش تولیدات كشاورزی، آموزش و ترویج روش‌های نوین كشاورزی توجه شد. از جمله تاسیس «مدرسه فلاحت مظفری» در سال 1279 كه پس از مدت كوتاهی فعالیت، تعطیل شد.
در سال 1296 «مدرسه برزگران كرج» وابسته به وزارت فلاحت و تجارت و فوائد عامه با تاكید بر آموزش علمی كشاورزی و پذیرش فرزندان كشاورزان با مدیریت هانس شریكر آلمانی تاسیس شد و آغاز به‌کار كرد. در سال 1309 قانون تاسیس وزارت طرق و شوارع و وزارت اقتصاد ملی به جای اداره كل فلاحت و تجارت به تصویب مجلس شورای ملی رسید. در ماده 2 قانون، بندهایی در رابطه با فعالیت‌های كشاورزی جزو وظایف اقتصاد ملی قرار داده شد. در تشكیلات وزارت اقتصاد ملی كه در سال 1310 به تصویب رسید، سه اداره كل فلاحت، صناعت و تجارت وجود داشت. در سال 1312 ادارات كل فلاحت و صناعت در یكدیگر ادغام شدند و اداره كل صناعت و فلاحت تاسیس شد و مجددا در سال 1314 اداره كل مزبور به همان اداره كل فلاحت و صناعت تفكیك شد. در سال 1315 نیز «مدرسه فلاحت» در پارك امین‌الدوله، تاسیس و پس از سه دوره كامل فعالیت، منحل شد.
در سال 1317 فرهنگستان، واژه كشاورزی را به جای فلاحت انتخاب كرد، بنابرین اداره فلاحت به اداره كل كشاورزی تغییر نام یافت. پس از آن «مدرسه عالی فلاحت» در كرج تاسیس شد که در سال 1319 به «دانشكده كشاورزی كرج» تغییر نام یافت. دانشكده كشاورزی تا سال 1324 زیر نظر اداره كل كشاورزی و وزارت كشاورزی قرار داشت و سپس از وزارت كشاورزی جدا شد و با عنوان دانشكده كشاورزی كرج به دانشگاه تهران پیوست. تا شهریور ماه 1320، تشكیلات اداره كل كشاورزی مشتمل بر 14 اداره و دو بنگاه (بنگاه حصارت و بنگاه هواشناسی) با وظایف تخصصی مربوط به امور كشاورزی وجود داشت كه با توجه به تعهد و تنوع آنها دولت وقت تصمیم گرفت آن را به وزارتخانه تبدیل كند. از این رو در دولت ذكاءالملك فروغی، در شهریور ماه 1320، علی‌اكبر حكیمی به‌عنوان اولین وزیر كشاورزی به مجلس شورای ملی معرفی شد. رای اعتمادی كه مجلس به دولت فروغی داد، مصوبه تبدیل اداره كل كشاورزی به وزارت كشاورزی تلقی شد.
اولین ساختار تشكیلاتی وزارت كشاورزی در سال 1320 شامل حوزه وزارتی، اداره كل كشاورزی، اداره كل دامپزشكی، اداره كل دفع آفات، قسمت اداری و مالی، اداره آمار و هواشناسی و اقتصاد، اداره نگارش و انتشارات و تبلیغات و اداره آموزش بود. تا سال 1325 در چند مورد تغییراتی در ساختار این وزارتخانه صورت گرفت كه عبارت بود از: تاسیس سازمان پنبه، ادغام بنگاه خالصات در وزارت كشاورزی، ایجاد اداره كل برنامه‌ها و اداره كل ترویج، تفكیك وظایف بازرسی بهداشتی كشتارگاه‌ها و چغندركاری از وزارت كشاورزی، جدایی دانشكده‌های كشاورزی و دامپزشكی و چاپخانه از وزارت كشاورزی و الحاق آنها به دانشگاه تهران. در سال 1335، هدف و وظایف وزارت كشاورزی تدوین و شرح وظایف وزیر كشاورزی نوشته شد.
سپس با تصویب قوانینی در سال‌های 1346 و 1347 چهار وزارتخانه كشاورزی، اصلاحات ارضی، منابع طبیعی، تولیدات كشاورزی و مواد مصرفی فعالیت‌های مربوط به بخش كشاورزی را عهده‌دار شدند. در سال 1350 انحلال وزارت منابع طبیعی و تشكیل وزارت كشاورزی و منابع طبیعی به تصویب رسید. در سال 1356 وزارت كشاورزی و منابع طبیعی و وزارت تعاون و امور روستاها با یكدیگر ادغام شده و وزارت كشاورزی و عمران روستایی تشكیل شد. این وزارتخانه پس از انقلاب اسلامی نیز با تغییراتی کماکان به کار خود ادامه داد تا اینکه در سال 1379 با وزارتخانه جهاد سازندگی ادغام شد.
