کشاورزی ارگانیک سیستم کاملاً استاندارد از مزرعه تا مرحله تولید (دامی، دارویی، آرایشی و بهداشتی) است. حتی علوفه‌ای که برای دام مصرف می‌شود، باید کاملا طبیعی باشد. در سیستمهای ارگانیک نباید از موجوداتی که دستکاری ژنتیکی شده‌اند، استفاده شود. کشاورزی ارگانیک یک سامانه بوم شناختی مدیریت تولید است که تنوع زیستی، چرخه‌های زیستی و فعالیت زیستی خاک را بهبود می‌بخشد. همچنین کشاورزی ارگانیک از اثرات گلخانه‌ای می‌کاهد؛ زیرا بسیاری از فعالیت‌های انجام شده در کشاورزی ارگانیک مانند حداقل شخم، استفاده از گیاهان تثبیت کننده نیتروژن، بازگرداندن ضایعات کشاورزی به خاک، استفاده از گیاهان پوششی باعث افزایش بازگشت کربن به خاک شده و حفظ و ذخیره سازی کربن را باعث می شود.کشاورزی ارگانیک با اکولوژی هماهنگ است و باعث تثبیت بافت خاک، حفظ چرخه آب، چرخه کربن، چرخه مواد غذایی و آلودگی کمتر زمین می‌شود.
کشاورزی ارگانیک سعی دارد با بهره گیری از یافته‌های علوم زیستی به صورت روش های پیشرفته خود را از قید ترکیبات شیمیایی که کشاورزی صنعتی بسیار به آن وابسته است رها کرده و به بهبود کیفیت خاک و محصولات کشاورزی کمک کند.محصولات کشاورزی ارگانیک محصولاتی هستند که در تمامی مراحل رشد با سیستم طبیعی هماهنگ باشند و در خاکی که از چند سال قبل هیچ گونه سموم دفع آفات گیاهی مانند علف کش ها، قارچ کش ها، حشره کش ها و مواد شیمیایی در آن استفاده نشده است و فقط با مواد طبیعی مانند کمپوست گیاهی تقویت می شود، رشد کنند.
کشاورزی ارگانیک باید بر اساس چرخه‌های اکولوژیکی زنده، نحوه ارتباط با آنها و کمک به پایداریشان، بنیان گذاشته شود. در این نوع کشاورزی، چراگاهها و سیستمهای برداشت از منابع طبیعی، بایستی متناسب با توازن اکولوژیکی و چرخه‌های طبیعی باشد. همچنین، مدیریت ارگانیک باید با شرایط محلی مانند فرهنگ هماهنگ شود و عوامل و نهاده ها بایستی با استفاده مجدد (بازیافت) و مدیریت مناسب مواد و انرژی، کاهش یابد. همچنین لازم است ارتقاء کیفیت محیط زیست و کاهش فشار بر منابع طبیعی در دستور کار قرار گیرد.کشاورزی ارگانیک بایستی سلامت خاکها، گیاهان، حیوانات، انسانها و در مجموع کره زمین را حفظ و افزایش دهد. این موضوع خاطر نشان میسازد که سلامت افراد و جوامع انسانی از سلامت اکوسیستم جدا نیست و از خاک‌های سالم، محصولات سالم به وجود می‌آیند که منجربه سلامت حیوانات و انسانها می شود.
کشاورزی ارگانیک به عنوان راهی برای نجات کره زمین معرفی شده است. مسأله بسیار ساده است؛ با زراعت ارگانیک و استفاده نکردن از کود شیمیایی، به چرخه های زیستی احترام گذاشته شده و بنابراین تعادل زیست محیطی به هم نمی خورد بلکه به متعادل شدن آن کمک می کند. همچنین محصول بیشتر و با کیفیت بالاتری تولید می شود؛ محصولاتی که مغذی تر هستند و هیچ سم و آفت کشی در خودشان ندارند و طعم و شکلی واقعی دارند.
کودهای زیستی ـ کود بیولوژیک یا کودهای زیستی به مواد حاصلخیز کننده ای اطلاق می شود که حاوی تعداد کافی از یک یا چند گونه از ارگانیسم های مفید خاکزی هستند که روی مواد نگهدارنده مناسبی عرضه می شوند. هدف از مصرف کودهای زیستی، تقویت حاصل خیزی و باروری خاک، تأمین نیازهای غذایی سالم و غنی تر و برداشت بیشتر به دور از آلوده سازی زیست بوم است.برای تولید کودهای شیمیایی باید از منابع تجدید نشدنی مانند نفت استفاده کرد و چون در کشاورزی ارگانیک از این مواد استفاده نمی شود پس آلودگی هوا و خاک و آب نیز کمتر است.
میوه ها و سبزیجات ارگانیک در مقایسه با انواعی که به روش های رایج پرورش می یابند برای سلامت قلب بهتر هستند. علت این تفاوت به نیتروژن موجود در خاک مربوط می شود. نیتروژن غیر آلی موجود در کودهای رایج به راحتی در دسترس گیاه قرار می گیرند و بنابراین کوددهی زیاد احتمالاً باعث کاهش سطوح فلاونوئیدها می شود.کودهای بیولوژیکی مواد آلی را تجزیه کرده و به معدنی شدن در خاک کمک می کنند.همچنین مواد غیر قابل حل فسفات شبیه فسفات آلومینیوم، آهن و تری کلسیم را قابل حل می کنند. این کودها هورمون های ضد‌متابولیک ها را تولید می کنند که باعث افزایش رشد ریشه گیاهان می شوند و نیز فسفات را از لایه‌‌های خاک جدا می کنند.کودهای بیولوژیک با تولید هورمون های طبیعی به نوعی محرک رشد گیاهان هستند و باعث گسترش ریشه و جذب بیشتر و بهتر آب و مواد غذایی و در نهایت افزایش عملکرد آن می شوند.وقتی کودهای بیولوژیکی برای خاک یا دانه به کار برده می شوند، قابلیت دسترسی به مواد مغذی را افزایش می دهند و بدون داشتن تأثیرات منفی روی خاک و محیط باعث افزایش ۱۰ تا ۲۵ درصد محصول می شوند.
مبارزه زیستی جایگزین سموم دفع آفات ـ از میان آلاینده های گوناگون غذایی، آفت کش ها یکی از مهم ترین آن ها به شمار می روند. این مواد نه فقط میکروارگانیسم های خاک را از بین می برند و اثر سم را روی مواد غذایی باقی می گذارند، بلکه باعث از هم پاشیدن اکوسیستم طبیعی اطراف مزرعه و از هم گسیختگی زنجیره های غذایی، تضعیف سیستم های ایمنی یا اغتشاش در پیامدهایی که اکثر میکروارگانیسم ها با یکدیگر مبادله می کنند و به خطر افتادن سلامت کشاورزان و مصرف کنندگان می شوند.امروزه نگرانی بسیاری در خصوص مسایل مرتبط با آفت کش های شیمیایی از جمله آلودگی‌‌های زیست محیطی و طغیان و بروز آفات نوظهور در کشاورزی، بهداشت و دامپزشکی وجود دارد.
همچنین مسأله اثر سمیت بقایای سموم و آفت کش ها در مواد غذایی و عاری بودن محصولات ارگانیک از مواد شیمیایی زیان آور، بقایای آفت کش ها و فلزات سنگین بسیار مورد توجه قرار گرفته است.آفت کش های شیمیایی از مواد سنتزی هستند که در تولید مواد غذایی مورد استفاده قرار می گیرند و اثرات سوء انکارناپذیری بر سلامت مصرف کننده، تولید کننده و محیط زیست باقی می‌‌گذارند.کنترل بیولوژیک آفات رویکردی جدید در راستای کشاورزی پایدار است.برای تولید محصول ارگانیک باید مبارزه با آفات مزارع، باغ ها و گلخانه ها به حشراتی سپرده شود که می توانند بدون ایجاد آلودگی، سبزی مزارع را حفظ کنند.
تاکنون بیش از ۶۰۰ گونه عامل مفید بیولوژیکی شناخته شده که علیه آفات به کار گرفته شده اند و حدود ۸۰ گونه آن ها در سطح وسیع استفاده می شوند. به عنوان مثال، زنبور تریکوگراما با پیدا کردن تخم آفت ساقه خوار برنج روی آن تخم می گذارد. لارو زنبور تریکوگراما تخم ساقه خوار برنج را پارازیت می کند و باعث کاهش جمعیت ساقه خوار برنج و افزایش جمعیت خود در داخل مزرعه می شود.
همچنین بهره گیری از دشمنان طبیعی مثل کفشدوزک علیه آفات برگ، ساقه و میوه می تواند بدون آسیب زدن به محصول، زمینه را برای همزیستی متقابل آن ها با گیاه فراهم کند.کفشدوزک های شکارگر از دشمنان طبیعی آفات هستند و از آن ها برای کنترل شته، کنه و آفات مکنده استفاده می شود. همچنین، نوع خاصی از آن به نام «کریپتولموس» در باغات چای و مرکبات، نقش شکارگر را ایفا می کند. در واقع، در صورت حضور به موقع و کافی کفشدوزک ها در باغ ها، استفاده از هیچ نوع سمی توجیه پذیر نیست، چون این حشره به شدت نسبت به سموم و آفت کش حساس است. کفشدوزک ها از دشمنان طبیعی شته ها و عوامل کنترل بیولوژیک آنها به شمار می روند. در واقع، اگر در محیط گلخانه فقط دو یا سه کفشدوزک رها شود همه شته ها از بین می روند. مثلاً «کفشدوزک هفت نقطه ای» از حدود ۵۰ نوع شته تغذیه می کند.
این قاب بال از معروف ترین و فراوان ترین گونه های حشرات شکارچی است و در سراسر دنیا برای مبارزه بیولوژیک استفاده می شود. بیش از ۱۰ هزار گونه حشره به عنوان دشمنان بشر طبقهبندی می شوند چرا که حدود یک ششم از محصولات غذایی سالانه جهان را مصرف می کنند. روش های گوناگونی برای مبارزه با این آفات وجود دارد. در روش مبارزه شیمیایی از سموم شیمیایی استفاده می شود که باید این روش را در نهایت به کار برد تا آسیب کمتری به محیط زیست وارد شود. در روش مبارزه بیولوژیک از یک موجود زنده برای کنترل آفت استفاده می شود که این روش یکی از مناسب ترین روش ها به شمار می رود. ولی در روش مبارزه تلفیقی می توان به بهترین نحو با آفت مبارزه کرد و معمولاً به کشاورزان توصیه می‌شود که از این روش استفاده کنند.
امروزه تلاش بر این است که از سمومی استفاده شود که اثرات مخرب آن در محیط کمتر باشد و سمومی که اثرات مخرب زیادی دارند از چرخه مصرف حذف شوند.ترجیح داده می شود از سمومی که دوره کارنس آن ها کمتر است یا از فرمون ها، روش های بیولوژیک «B.t» و سایر روش‌های غیرشیمیایی استفاده شود.امروزه کشاورزی به سمت جایگزینی روش های غیرشیمیایی به جای استفاده از سموم است، چرا که سم از نظر هزینه و آلودگی برای کشاورز مقرون به صرفه نیست.
دانشمندان بر اساس دانش کنونی به این نتیجه رسیده اند که حتی مقدار خیلی کم از عامل شیمیایی مسموم کننده می‌تواند باعث تبدیل یک سلول سالم به یک سلول سرطانی شود. همچنین احتمال بروز سرطان در کارگرانی که در معرض سموم هستند نسبت به سایر افراد دو برابر است.سرطان تیروئید نیز از جمله سرطان‌هایی است که احتمال بروز آن در افرادی که در معرض سمومی مثل ۲-۴- Dقرار دارند، بیشتر است.کشاورزان ارگانیک مدعی هستند که استفاده از آفتکش‌ها و کودهای مصنوعی ضروری نیست و اجرای روش‌های کشاورزی سنتی غذای سالمتر و با کیفیت تری را تولید می‌کند.در کشاورزی زیستی برای کنترل آفات می‌توان از موجودات سودمند، روغنهای بی خطر، آفت کشهایی با منشأ گیاهی و غیره استفاده کرد اما برای کاربرد همین ترکیبات نیز محدودیتهایی اعمال شده است.
استفاده از حشرات مفید در کشاورزی برای نابودی آفات بدون عارضه است و باعث کاهش استفاده از سموم شیمیایی، کاهش آلودگی آب های زیرزمینی و افزایش سلامت غذایی می شود.کنترل بیولوژیک آفات در قالب کشاورزی پایدار کمک می کند تا بتوانیم غذای سالم و کافی را برای نسل حاضر فراهم و محیط زیست و کره زمین را برای نسل های آینده حفظ کنیم. در حال حاضر استفاده بیش از حد سموم و کودهای شیمیایی برای تولید محصول بیشتر در مزارع و باغ های کشاورزی ایران گسترش یافته است و بقایای این سموم و کودهای شیمیایی در محصولات کشاورزی باعث بروز بیماری های خطرناک در کشور می شود. این معضل در حالی رو به افزایش است که کارشناسان کشاورزی معتقدند بر نحوه میزان استفاده از این سموم در مزارع کشاورزی نظارتی نمی شود.
